Fue profesor en Hortaleza, Madrid y Guadalajara. En 1921 lo destinaron a fundar la misión de Cuttack (India), diócesis de Vizagapatán, provincia de Orissa, confiada a la Congregación por Propaganda FIDE. En 1925, al ser erigida esta misión en viceprovincia, ya con tres comunidades, fue nombrado Vice visitador. De regreso a la patria, en 1927 ocupó la cátedra de teología pastoral en el seminario de Oviedo hasta que, en 1930, fue nombrado subdirector de la Provincia Española de las Hijas de la Caridad, cargo que desempeñará hasta su muerte.

Se pueden contar por miles las Hijas de la Caridad que se han beneficiado de su magisterio a lo largo de varias generaciones con la publicación de sus conferencias profundas y didácticas sobre el espíritu de la vocación. Entre las Hermanas tenía fama de santidad en vida.

MARTIRIO: 

Al P. José María Fernández, junto al P. Roque Guillén y los Hermanos Cesáreo Elexgaray y Cristóbal González, los prendieron en su comunidad conocida como “Casa de Capellanes” por serlo del Noviciado de las Hijas de la Caridad, el sábado 25 de julio. No obstante estar condenados a muerte desde el primer momento y  sin dejar  de  recibir constantes  amenazas, con las armas siempre preparadas, no los mataron hasta el 23 de octubre de 1936.

Querían arrancarles noticias útiles para su labor de perseguir a la Iglesia y para ello les sometieron a interrogatorios y careos pesadísimos, incluso lo tuvieron toda una noche de pie. Hay constancia de su estancia en la checa del palacio del duque de Medinaceli, plaza de Colón, 1 y en la temible checa de Fomento, 9 que, por estar directamente conectada con las autoridades rojas, podía disponer libremente de la vida de los ciudadanos.

De la estancia en S. Felipe Neri, 4 han quedado testimonios directos: El día 28 de agosto otorgaron al P. José Ma.  Fernández una entrevista con algunas Hijas de la Caridad. El P. Fernández decía a la Visitadora, Sor Justa Domínguez de Vidaurreta: “Mucho he padecido sabiendo las angustias que ustedes pasaban; hoy que soy participante de ellas, me encuentro feliz y doy gracias a Dios. No nos entristezcamos por vernos en prisiones, nuestro Santo Padre las sufrió dos años y jamás le pesó. Alegrémonos por el bien espiritual que este estado nos reporta”.

Al P. Fernández junto a otros dos sacerdotes y cinco hermanos coadjutores de la Congregación de la Misión los martirizaron en el cementerio de Vallecas el 23 de octubre de 1936.

http://www.beatificacionmartiresvicencianos.org/biografia-martires