Pasó allí la guerra cruel que terminó con la independencia. Ya en España estuvo destinado en Canarias, en Andalucía y 15 años en Madrid de director de novicios.

 Entre los jóvenes por él formados se encuentran cuatro sacerdotes y tres hermanos coadjutores, que como él entregaron su vida martirizados en la persecución religiosa. En 1931 inició el que sería su último ministerio: capellán de las Hijas de la Caridad en la casa de retiro Santa Luisa de Marillac, sita en la antigua cartuja de Ara Christi, de Valencia, entre los municipios de El Puig y Rafelbuñol.

La numerosa comunidad estaba integrada por más de 100 Hermanas, casi todas mayores y enfermas. Allí, junto con el otro capellán: P. Rafael Vinagre Torres, le alcanzará la persecución y la muerte violenta en 1936.  

Fue un misionero celoso de la gloria de Dios, responsable, trabajador y muy cumplidor de su deber.

 
MARTIRIO: 

En 1936 tenía 69 años, había vivido la persecución en Filipinas y los conatos de revolución en Andalucía en 1931. Estaba preparado para ofrecer el sacrificio de su vida, que tanto había predicado

 El domingo 26 de julio de 1936 fueron apresados los dos capellanes P. Agapito y P. Rafael. Acto seguido encendieron una gran hoguera para quemar las imágenes y demás objetos religiosos. No profanaron el santísimo, porque una Hermana pudo ponerlo a salvo. Los dos misioneros fueron llevados a la plaza del pueblo del Puig, que estaba llena de gente que pedía su muerte. El lunes 27 ingresaron en la cárcel de Mislata. Cuenta un testigo seglar que rezaban el breviario en el patio, pese a haberles advertido del peligro que ello entrañaba, y continúa: “en dicho patio comenzaron a formarse grupos de presos que rezaban el rosario, ya que cada día que pasaba se confirmaba el hecho de que íbamos a morir todos y poco nos importaba que nos vieran o no los guardianes. Luego, en las celdas empezó la costumbre de rezar el rosario otra vez, sin que hubiera una sola excepción, así se continuó, de 70 u 80 presos que éramos entonces hasta los momentos en que éramos miles. Es indudable que estos dos sacerdotes, con su pauta nos dieron el camino a seguir en la prisión”. 

El día 31 de julio los sacaron de la prisión bajo vigilancia. Buscaron refugio en las numerosas casas de Hijas de la Caridad que había en Valencia sin conseguir nada porque estaban todas incautadas.

Al P. Agapito Alcalde lo siguieron al salir del asilo de San Juan Bautista, C/ Guillén de Castro, 161, hasta la calle Játiva y lo mataron en la estación del norte el mismo día 31 de julio de 1936 por la noche.