Durante quince años ejerció con edificante piedad y prudente celo el ministerio sacerdotal en el sur de Italia, distinguiéndose sobre todo en la asistencia a los enfermos del cólera durante la epidemia de 1836. También dirige misiones al pobre pueblo, predica ejercicios espirituales y desarrolla otras actividades de caridad. Por un año ejerce el oficio de director del Seminario Interno, en Nápoles; luego es nombrado superior.

En 1838, tras muchas insistencias del cardenal Prefecto de la Sagrada Congregación de Propaganda Fide, aceptó marchar a la misión de Abisinia (Etiopía), confiada a la Congregación de la Misión. Su intensa vida apostólica está salpicada de complejas dificultades, entre ellas las delicadas relaciones con las autoridades del lugar y la Iglesia copto-ortodoxa, que evidenciaron los talentos y la capacidad organizativa del misionero.

La prefectura de Abisinia fue elevada a la categoría de vicariato apostólico y el “Abuna Yacob Mariam”, como cariñosamente le llamaban los fieles, es nombrado obispo titular de Nilopoli y Vicario apostólico de Abisinia el 6 de junio de 1847. Es consagrado obispo en 1849 y durante veinte años desarrolla un intenso trabajo misionero y ecuménico. Estaba a la total disposición de las gentes que evangelizaba y supo hacerse todo a todos, como el mismo San Pablo. Les decía: “El Espíritu Santo ha puesto en mi corazón un gran amor por los cristianos etíopes… Si Dios me concede uno, dos o más días de vida, los emplearé en vuestro bien, pues para vosotros me los reserva Dios. Vosotros sois los dueños de mi vida, pues para vosotros me la ha dado Dios”.

En 1854, al negarse a abandonar Gondar y Abisinia, después de diversos acontecimientos fue encarcelado. Liberado y después expulsado de nuevo, evitó la captura refugiándose en las montañas de Semien. Otras pruebas morales y físicas templaron el espíritu de Justino de Jacobis; la fama de sus virtudes y su heroico apostolado echaban raíces fecundas de una evangelización de la que todavía hoy se manifiestan las huellas de las líneas trazadas por él. Murió en el Valle de Aligadé el 31 de julio de 1860. El 28 de julio de 1935 fue publicado el decreto sobre la heroicidad de sus virtudes, y el 25 de junio de 1939 Pío XII lo proclamó beato. El Papa Pablo VI lo canonizó el 26 de octubre de 1975.

Su fiesta se celebra el 30 de julio. Él supo hacer suyas aquellas palabras de San Vicente: “Entreguémonos a Dios para ir por toda la tierra a llevar su santo Evangelio; y en cualquier sitio donde Él nos coloque, sepamos mantener nuestro puesto… que nos arredren las dificultades…La salvación de los pueblos y nuestra propia salvación son un beneficio tan grande que merece cualquier esfuerzo, a cualquier precio que sea; no importa que muramos antes, con tal que muramos con las armas en la mano” (XI, 290).